הקמת העמותה מצריכה ביצוע פעולות משפטיות כגון רישום ברשם העמותות ומינוי ועד מנהל וועדת ביקורת, הנבחרת באסיפה הכללית, בה משתתפים כל חברי העמותה. על מנת לקבל תמיכה רשמית מרשויות המדינה, חייבת העמותה, בין היתר, לקבל אישור ניהול תקין מרשם העמותות.
אסיפה כללית של עמותה מהווה את המוסד העליון של העמותה, בעל זכות לבצע פעולות משפטיות, כגון שינוי תקנון העמותה, מינוי חברים לוועדות העמותה, או פירוק העמותה. אספה כללית מכונסת לפחות פעם בשנה, במטרה לקבל החלטות מהותיות אודות פעילות העמותה ולדון בממצאי הדוחות הכספיים והדוח המילולי הנערכים על ידי רואה החשבון של העמותה והועד המנהל שלה.
ועד מנהל של עמותה מורכב מלפחות שני חברים ומוסמך לנהל את ענייני העמותה על בסיס יום יומי בהתאם למדיניות האסיפה הכללית. כמו כן תפקידו של הועד המנהל הינו לתכנן צעדים אופרטיביים המיישמים מדיניות העמותה, כגון הכנת תכנית עבודה, בניית תקציב, הגדרת היעדים ועוד.
ועדת ביקורת הינו מוסד משפטי הנוסף הנדרש לניהול העמותה. הוועדה מפקחת על פעילות העמותה מההיבטים הפיננסיים והמקצועיים, על מנת להבטיח התנהלות תקינה, יעילה וחסכונית הממוקדת בהשגת המטרות שהוצבו על ידי האסיפה כללית. מדי שנה על ועדת ביקורת להפיק דוח, המפרט את מצב העמותה והמכיל המלצות לשיפור פעילותה. לעיתים, כחלופה לוועדת הביקורת, רשאית העמותה, באישור רשם העמותות, למנות מבקר פנים בתשלום – בעל מקצוע בתחום פיננסי או משפטי, כגון רואה חשבון, עורך דין או יועץ מס.
